尝试1:从福尔马林固定的仔稚鱼样品中提取基因组DNA

最近的两周里,在好基友Kaiyue Zhang的鼎力帮助下,我们开始了对福尔马林固定的仔稚鱼样品的分子生物学试验,以期用分子生物学方法鉴定出疑难种,并为以后的试验打下基础。从零开始克服各种试验设备条件的困难就不说了,做的过程还算可以,结果有点不堪。

使用了(可能)3种仔稚鱼样品:A管,日本鳀弯曲期仔鱼2尾;B管,鰕虎仔鱼19尾,可能是六丝钝尾鰕虎/矛尾鰕虎/斑尾刺鰕虎/拉氏狼牙鰕虎其中1种或2种;C管,小黄鱼或其近缘种3尾。

从福尔马林固定样品中提取DNA的预处理方法主要是参考了《福尔马林保存鱼类标本中大片段DNA的提取》(夏颖哲,张春光,陈宜瑜,等。)一文,可以说,是非常漫长的前处理。不同之处在于,由于仔稚鱼样品很小,我们一直都是以整条鱼进行处理的,没有剪碎组织,但是有预先去除消化道。

DNA抽提的结果一点都不乐观。电泳结果显示A管和C管看不到条带,B管条带呈高度弥散状。当时订的引物还没有到,所以借用了生物室做鱼类的一个Cytb引物进行扩增。条件所限,没有测DNA浓度,凭感觉取了2ul、1ul、2ulDNA进行扩增,电泳结果显示3管样品都有带,但是都呈高度弥散状,在100bp左右出现引物二聚体,顶部完全没有带。Kaiyue Zhang说可能DNA降解太厉害,也可能是由于退火温度过低造成这种情况。当然,基本上可以确信是因为前者,毕竟是福尔马林样品。

今天我们订的2对引物总算到了,1对是《福尔马林保存鱼类标本中大片段DNA的提取》文中所用的引物之一,另1对是中国水产科学研究院淡水研究中心的发明专利《一种仔稚鱼快速分类鉴定方法》里用的引物,希望不要坑爹。明日用新的引物,改一下PCR程序,再扩一次看看。

PS,即使是样品极小的A管,最后也有大量PCR产物,所以样品量不是问题,样品的保存和前处理才是用福尔马林样品开展分子生物学试验的死穴。

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